Hra přímo navazuje na příběhovou linku prvního dílu a opět v něm figuruje protivník Jaffar. Ten tentokrát kouzlem přeměněn v samotného prince způsobuje jeho vyhnání ze sultánovo paláce. Tím hra doslova začíná – skokem z okna, útěkem z města a doslova na poslední chvíli chycení vyplouvající lodi.

Příběh je zde velmi komplikovaný – ocitáte se na opuštěném ostrově, v katakombách, zakletém městě. Pro zdárné dokončení hry je nutno projít veškeré pasáže do 75 minut, jinak princezna umírá na Jaffarovo prokletí.

Duke Nukem – blonďatý svalovec zachraňující Los Angeles, nebo spíše jeho trosky, (a s ním celý dvět) před padouchem Dr. Protonem a jeho robotickou armádou. tento příběh má samozřejmě x zvratů, abyste měli možnost procházet různorodé lokace a pronásledovat hlavního padoucha. Hra měla jednu speciální funkci – některé předměty lze výstřelem z energetické pušky upravit, čímž za ně získáte více bodů.