Hrajete za Gordona Freemana, vědce, který je přítomen při nepovedeném experimentu s otevíráním portálu pomocí mimozemského krystalu. Pokus otevřel sérii portálů, kterou se na Zemi dostaly nepřátelské mimozemské bytosti. Gordon se musí probít a prostřílet zamořeným výzkumným zařízením a porazit mozek armády mimozemšťanů.